CHIMIE PHARMACEUTIQUE

Auteur: VIDAL MONTULL DAVID.
Année: 2005.
Université: BARCELONA.
Lieu de l'exposition: FACULTAT DE QUÍMICA.
Lieu de préparation: UNIVERSITAT DE BARCELONA.

Résumé: La découverte et la mise au point de médicaments est un processus interdisciplinaire et coûteuse, tant en termes économiques comme temporaire, dans lequel les compagnies pharmaceutiques peuvent dépenser, en moyenne, 880 millions de dollars et 15 ans dans la recherche jusqu'à un médicament est sur le marché. Dans ce contexte, les méthodes de calcul peuvent offrir certains avantages baisse significative de 130 millions de dollars et 0,8 ans en moyenne, le coût du processus de découverte et de développement de médicaments. Méthodes LINGO méthodes de calcul sont très efficaces d'analyse basée sur l'analyse des codes SMILES, une représentation textuelle moléculaires hautement compressées, qui repose sur l'utilisation d'un grand nombre d'informations implicitement contenir les mêmes informations que toute autre représentation fondée sur une table de connectivité. LINGO Les méthodes sont basées sur un protocole de la fragmentation des codes SMILES, ce qui a permis le développement d'une méthode d'analyse de la similarité intermoléculaire, LINGOsim, qui permet de 75000 comparaisons par seconde. De la même manière, les méthodes LINGO ont permis à la génération de modèles QSRP appelé LINGO - QSPR, pour la prédiction des propriétés moléculaires, y compris logP, logS ou PSA, qui permet le traitement de plus de 120000 molécules par seconde. La précision de ces modèles est comparable aux meilleures méthodes actuellement disponibles, mais sa vitesse de calcul au-delà, dans de nombreux cas, de plus de deux ordres de grandeur. En outre, il a mis au point un protocole automatisé à l'utilisation pratique du programme d'amarrage Autodock 3,0. Ce protocole comprend une grande variété de programmes, développé au sein de notre groupe que le commerce, qui est chargé d'effectuer automatiquement toutes les tâches nécessaires, générant la structure 3D des ligands, d'effectuer des calculs et d'analyse. Ainsi, grâce à son automatisation complète, ce protocole ouvre la porte à l'analyse, à travers un programme d'accostage, de grandes quantités de molécules. Le développement de méthodes LINGO et de la conception d'un protocole automatique d'amarrage, a permis la conception d'un algorithme de dépistage virtuel intégré combine l'utilisation de méthodes d'accostage, Autodock 3,0, et même moléculaire LINGOsim. Cet algorithme, qui a été connu sous le nom de la MPA (Massive Processing Algorithm) a montré son efficacité dans l'analyse de grandes bases de données, d'être en mesure d'identifier les 60% des plus prometteuses molécules d'une base de données de plus de 900000 molécules, ayant fait seulement 60000 D'amarrage sur eux, soit 6,6% de la base de données. L'intégration de l'ensemble de ces outils a conduit à l'élaboration d'un protocole de dépistage virtuels été validé expérimentalement dans un projet de découverte d'un inhibiteur de protéines tyrosine, fosfatas faible poids moléculaire (ImwPTP).